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1Thirty biologically interpretable clusters of transcription factors distinguish cancer type
Z. Abrams, M. Zucker, M. Wang, A. Asiaee Taheri, L. Abruzzo, und K. Coombes. BMC Genomics, 19 (1): 738-738 (Oktober 2018)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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shouldread
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1Comparative analysis of RNA sequencing methods for degraded or low-input samples.
X. Adiconis, D. Borges-Rivera, R. Satija, D. DeLuca, M. Busby, A. Berlin, A. Sivachenko, D. Thompson, A. Wysoker, T. Fennell und 4 andere Autor(en). Nat Methods, 10 (7): 623--629 (Juli 2013)
vor 10 Jahren von @gwotto
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genomics
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2Zseq: An Approach for Preprocessing Next-Generation Sequencing Data
A. Alkhateeb, und L. Rueda. J Comput Biol, 24 (8): 746-755 (August 2017)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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normalization
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3Dissection of regulatory networks that are altered in disease via differential co-expression
D. Amar, H. Safer, und R. Shamir. PLoS Comput Biol, (2013)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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DGE
network-analysis
VARNORM
rna-seq
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1Count-based differential expression analysis of RNA sequencing data using R and Bioconductor
S. Anders, D. McCarthy, Y. Chen, M. Okoniewski, G. Smyth, W. Huber, und M. Robinson. Nature Protocols, (August 2013)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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2HTSeq - a Python framework to work with high-throughput sequencing data.
S. Anders, P. Pyl, und W. Huber. Bioinformatics, 31 (2): 166-169 (Januar 2015)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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EMBL
GDC
python
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sequencing
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2Guidance for RNA-seq co-expression network construction and analysis: safety in numbers
S. Ballouz, W. Verleyen, und J. Gillis. Bioinformatics, 31 (13): 2123-2130 (Juli 2015)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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network-analysis
coexpression
PAYWALL
rna-seq
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1RNA-seq of 272 gliomas revealed a novel, recurrent PTPRZ1-MET fusion transcript in secondary glioblastomas
Z. Bao, H. Chen, M. Yang, C. Zhang, K. Yu, W. Ye, B. Hu, W. Yan, W. Zhang, J. Akers und 17 andere Autor(en). Genome Res, 24 (11): 1765-1773 (November 2014)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
MUSTREAD
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gene-fusioncancer-researchMUSTREADrna-seqfulltextfastq
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1Approaches of the Transcriptomic Analysis in Astrocytes: Potential Pharmacological Targets
G. Barreto, R. Gomez, R. Bustos, D. Forero, G. Aliev, V. Tarasov, N. Yarla, V. Echeverria, und J. Gonzalez. Curr Pharm Des, 23 (28): 4189-4197 (2017)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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astrocyte
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1Mutation pattern analysis reveals polygenic mini-drivers associated with relapse after surgery in lung adenocarcinoma
L. Bennett, M. Howell, D. Memon, C. Smowton, C. Zhou, und C. Miller. Scientific Reports, 8 (1): 14830-- (2018)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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mutations
snp
methods
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MUSTREAD
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2Into the unknown: expression profiling without genome sequence information in CHO by next generation sequencing
F. Birzele, J. Schaub, W. Rust, C. Clemens, P. Baum, H. Kaufmann, A. Weith, T. Schulz, und T. Hildebrandt. Nucleic Acids Res, 38 (12): 3999--4010 (Juli 2010)
vor 12 Jahren von @jabreftest
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rna-seq
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1Integrating Molecular Biology and Bioinformatics Education
P. Boas, S. Marie, und S. Franziska. (2019)
vor 5 Jahren von @bpucker
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technolgies
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1Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification
N. Bray, H. Pimentel, P. Melsted, und L. Pachter. Nat Biotechnol, 34 (5): 525-527 (Mai 2016)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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read-mapping
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2Near-optimal RNA-Seq quantification
N. Bray, H. Pimentel, P. Melsted, und L. Pachter. ArXiv e-prints, (Mai 2015)
vor 8 Jahren von @gwotto
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RNA-Seq
bioinformatics
RNA-Seqbioinformatics
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1OUTRIDER: A Statistical Method for Detecting Aberrantly Expressed Genes in RNA Sequencing Data
F. Brechtmann, C. Mertes, A. Matusevičiūtė, V. Yépez, Ž. Avsec, M. Herzog, D. Bader, H. Prokisch, und J. Gagneur. Am J Hum Genet, 103 (6): 907-917 (Dezember 2018)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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detection
deg
software
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open-source
MUSTREAD
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1The Somatic Genomic Landscape of Glioblastoma
C. Brennan, R. Verhaak, und T. Network. Cell, 155 (2): 462-477 (Oktober 2013)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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glioblastoma
glioma
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tcga
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glioblastomagliomarna-seqtcgafulltext
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3A Reference-Free Algorithm for Computational Normalization of Shotgun Sequencing Data
C. Brown, A. Howe, Q. Zhang, A. Pyrkosz, und T. Brom. (2012)
vor 12 Jahren von @jabreftest
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2Scotty: a web tool for designing RNA-Seq experiments to measure differential gene expression
M. Busby, C. Stewart, C. Miller, K. Grzeda, und G. Marth. Bioinformatics, 29 (5): 656-657 (März 2013)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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experimental-design
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statistics
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1A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction
M. Büttner, Z. Miao, F. Wolf, S. Teichmann, und F. Theis. Nat Methods, 16 (1): 43-49 (Januar 2019)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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1Transcriptome Profiling in Human Diseases: New Advances and Perspectives
A. Casamassimi, A. Federico, M. Rienzo, S. Esposito, und A. Ciccodicola. Int J Mol Sci, (Juli 2017)
vor 5 Jahren von @marcsaric
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3Dissection of regulatory networks that are altered in disease via differential co-expression

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1RNA-seq of 272 gliomas revealed a novel, recurrent PTPRZ1-MET fusion transcript in secondary glioblastomas

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1Mutation pattern analysis reveals polygenic mini-drivers associated with relapse after surgery in lung adenocarcinoma

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1Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification

2Near-optimal RNA-Seq quantification

1OUTRIDER: A Statistical Method for Detecting Aberrantly Expressed Genes in RNA Sequencing Data

1The Somatic Genomic Landscape of Glioblastoma

3A Reference-Free Algorithm for Computational Normalization of Shotgun Sequencing Data

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