marcsaric > benchmark

закладки (спрятать)3
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

1Which datasets should I use for reviewing or benchmarking purposes? — GATK-Forum
https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1292/which-datasets-should-i-use-for-reviewing-or-benchmarking-purposes
7 лет назад , @marcsaric
software
BAM
sequencing
benchmark
softwareBAMsequencingbenchmark
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1PAEA: Principal Angle Enrichment Analysis
http://amp.pharm.mssm.edu/PAEA/
5 лет назад , @marcsaric
software
gsea
rna-seq
fulltext
benchmark
softwaregsearna-seqfulltextbenchmark
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи
1Before and After: Comparison of Legacy and Harmonized TCGA Genomic Data Commons' Data - PubMed
We present a systematic analysis of the effects of synchronizing a large-scale, deeply characterized, multi-omic dataset to the current human reference genome, using updated software, pipelines, and annotations. For each of 5 molecular data platforms in The Cancer Genome Atlas (TCGA)-mRNA and miRNA …
4 лет назад , @marcsaric
comparison
paper
gdc
tcga
fulltext
benchmark
comparisonpapergdctcgafulltextbenchmark
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи

&lang;&lang;
⟨
1
&rang;
⟩⟩

публикации (спрятать)18
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...

2SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification
V. Moreno-Manzano, S. Rodriguez-Navarro, C. Pereira, F. Pardo-Palacios, M. Edelmann, A. Mortazavi, M. Tress, M. Mellado, C. Marti, H. del Risco и 9 other автор(ы). Genome Research, 28 (3, /content/28/3.cover.gif): 396-411 (2018)
6 лет назад , @marcsaric
pacific-biosciences
longread
rna-seq
fulltext
benchmark
pacific-bioscienceslongreadrna-seqfulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Robustly detecting differential expression in RNA sequencing data using observation weights
X. Zhou, H. Lindsay, и M. Robinson. Nucleic Acids Res, (июня 2014)
6 лет назад , @marcsaric
software
differential-expression
SHOULDREAD
edger
fpkm
deseq
algorithm
rna-seq
fulltext
benchmark
softwaredifferential-expressionSHOULDREADedgerfpkmdeseqalgorithmrna-seqfulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2Robust gene expression and mutation analyses of RNA-sequencing of formalin-fixed diagnostic tumor samples
S. Graw, R. Meier, K. Minn, C. Bloomer, A. Godwin, B. Fridley, A. Vlad, P. Beyerlein, и J. Chien. Sci Rep, (июля 2015)
6 лет назад , @marcsaric
pipeline
cancer-research
gc-content
SHOULDREAD
ffpe
rna-seq
fulltext
benchmark
pipelinecancer-researchgc-contentSHOULDREADffperna-seqfulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2Robust gene expression and mutation analyses of RNA-sequencing of formalin-fixed diagnostic tumor samples
S. Graw, R. Meier, K. Minn, C. Bloomer, A. Godwin, B. Fridley, A. Vlad, P. Beyerlein, и J. Chien. Scientific Reports, (июля 2015)
5 лет назад , @marcsaric
cancer-research
deseq2
ffpe
rna-seq
ff
fulltext
benchmark
cancer-researchdeseq2ffperna-seqfffulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool
J. Costa-Silva, D. Domingues, и F. Lopes. PLOS ONE, 12 (12): 1-18 (декабря 2017)
5 лет назад , @marcsaric
best-practice
comparison
pipeline
software
pip
review
MUSTREAD
rna-seq
fulltext
benchmark
best-practicecomparisonpipelinesoftwarepipreviewMUSTREADrna-seqfulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Optimization of an RNA-Seq Differential Gene Expression Analysis Depending on Biological Replicate Number and Library Size
S. Lamarre, P. Frasse, M. Zouine, D. Labourdette, E. Sainderichin, G. Hu, V. Le Berre-Anton, M. Bouzayen, и E. Maza. Front Plant Sci, (2018)
5 лет назад , @marcsaric
shouldread
best-practice
plant-science
software
differential-expression
edgeR
deseq2
deseq
rna-seq
fulltext
benchmark
shouldreadbest-practiceplant-sciencesoftwaredifferential-expressionedgeRdeseq2deseqrna-seqfulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1IGSA: Individual Gene Sets Analysis, including Enrichment and Clustering
L. Wu, X. Chen, D. Zhang, W. Zhang, L. Liu, H. Ma, J. Yang, H. Xie, B. Liu, и Q. Jin. PLoS One, (2016)
6 лет назад , @marcsaric
enrichment
shouldread
gene-set
comparison
software
GSEA
fulltext
benchmark
enrichmentshouldreadgene-setcomparisonsoftwareGSEAfulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
3Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis
S. Sahraeian, M. Mohiyuddin, R. Sebra, H. Tilgner, P. Afshar, K. Au, N. Bani Asadi, M. Gerstein, W. Wong, M. Snyder и 2 other автор(ы). Nat Commun, 8 (1): 59-59 (июля 2017)
5 лет назад , @marcsaric
comparison
pipeline
software
MUSTREAD
snv
rna-seq
fulltext
benchmark
comparisonpipelinesoftwareMUSTREADsnvrna-seqfulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2Extensive sequencing of seven human genomes to characterize benchmark reference materials
J. Zook, D. Catoe, J. McDaniel, L. Vang, N. Spies, A. Sidow, Z. Weng, Y. Liu, C. Mason, N. Alexander и 43 other автор(ы). Scientific Data, (июня 2016)
7 лет назад , @marcsaric
DeepVariant
sequencing
reference-genome
NIST
benchmark
DeepVariantsequencingreference-genomeNISTbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Evaluation of frozen tissue-derived prognostic gene expression signatures in FFPE colorectal cancer samples
J. Zhu, N. Deane, K. Lewis, C. Padmanabhan, M. Washington, K. Ciombor, C. Timmers, R. Goldberg, R. Beauchamp, и X. Chen. Scientific Reports, (сентября 2016)
5 лет назад , @marcsaric
cancer-research
ffpe
rna-seq
ff
fulltext
benchmark
cancer-researchffperna-seqfffulltextbenchmark
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер

&lang;&lang;
⟨
1
2
&rang;
⟩⟩

BibSonomy

закладки (спрятать)3
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

1Which datasets should I use for reviewing or benchmarking purposes? — GATK-Forum

1PAEA: Principal Angle Enrichment Analysis

1Before and After: Comparison of Legacy and Harmonized TCGA Genomic Data Commons' Data - PubMed

публикации (спрятать)18
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...

2SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification

1Robustly detecting differential expression in RNA sequencing data using observation weights

2Robust gene expression and mutation analyses of RNA-sequencing of formalin-fixed diagnostic tumor samples

2Robust gene expression and mutation analyses of RNA-sequencing of formalin-fixed diagnostic tumor samples

2RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool

1Optimization of an RNA-Seq Differential Gene Expression Analysis Depending on Biological Replicate Number and Library Size

1IGSA: Individual Gene Sets Analysis, including Enrichment and Clustering

3Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis

2Extensive sequencing of seven human genomes to characterize benchmark reference materials

1Evaluation of frozen tissue-derived prognostic gene expression signatures in FFPE colorectal cancer samples

просмотр

сходные по теме тэги

концепции

тэги

закладки (спрятать)3 показатьвсётолько закладкизакладки на страницу5102050100 RSSBibTeXXML

публикации (спрятать)18 показатьвсётолько публикациипубликации на страницу5102050100 расширенный... RSSBibTeXRDFдальше...

просмотр

сходные по теме тэги

тэги

закладки (спрятать)3
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

публикации (спрятать)18
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...