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1EXCAVATOR: detecting copy number variants from whole-exome sequencing data. - PubMed - NCBI
Genome Biol. 2013;14(10):R120. Research Support, Non-U.S. Gov't
vor 6 Jahren von @marcsaric
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SHOULDREAD
copy-number-variation
exome
fulltext
paper
software
SHOULDREADcopy-number-variationexomefulltextpapersoftware
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1Bioinformatics Pipeline: Copy Number Variation Analysis - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/CNV_Pipeline/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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GDC
TCGA
cancer-research
copy-number-variation
pipeline
software
GDCTCGAcancer-researchcopy-number-variationpipelinesoftware
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1Bioinformatics Pipeline: Methylation Liftover Pipeline - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Methylation_LO_Pipeline/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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GDC
TCGA
cancer-research
methylation
pipeline
software
GDCTCGAcancer-researchmethylationpipelinesoftware
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1Bioinformatics Pipeline: mRNA Analysis - GDC Docs
https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines/Expression_mRNA_Pipeline/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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GDC
MUSTREAD
TCGA
cancer-research
fulltext
pipeline
software
GDCMUSTREADTCGAcancer-researchfulltextpipelinesoftware
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1Bioinformatics Pipeline: DNA-Seq Analysis - GDC Docs
DNA Sequencing Pipeline of Genome Data Commons as applied to TCGA data. Including example shell script commands.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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GDC
TCGA
cancer-research
pipeline
software
GDCTCGAcancer-researchpipelinesoftware
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1An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics: Cell
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(18)30229-0?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867418302290%3Fshowall%3Dtrue
vor 6 Jahren von @marcsaric
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MUSTREAD
cancer
clinical
fulltext
paper
software
tcga
MUSTREADcancerclinicalfulltextpapersoftwaretcga
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1Analysis of 450k data using minfi
https://www.bioconductor.org/help/course-materials/2015/BioC2015/methylation450k.html
vor 6 Jahren von @marcsaric
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fulltext
illumina
methylation
microarray
minfi
r-language
software
tutorial
fulltextilluminamethylationmicroarrayminfir-languagesoftwaretutorial
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1GenomeStudio Software
Visualize and analyze data generated on Illumina microarray platforms with GenomeStudio data analysis software.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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PAYWALL
methylation
microarray
software
PAYWALLmethylationmicroarraysoftware
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1The Chip Analysis Methylation Pipeline
https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/ChAMP/inst/doc/ChAMP.html
vor 6 Jahren von @marcsaric
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MUSTREAD
methylation
microarray
pipeline
quality-control
r-language
software
MUSTREADmethylationmicroarraypipelinequality-controlr-languagesoftware
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1DNA methylation signatures analysis with Illumina Infinitum MethylationEPIC and Infinium Human Methylation 450K BeadChip : Protocol Exchange
This protocol provides detailed instructions on Quality Control, EWAS, and CpG island signature discovery with Illumina Infinitum MethylationEPIC and Infinium Human Methylation 450K BeadChip data. R package minfi and caret was used in this analysis.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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MUSTREAD
fulltext
methylation
microarray
paper
protocols
quality-control
software
MUSTREADfulltextmethylationmicroarraypaperprotocolsquality-controlsoftware
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1GitHub - pysam-developers/pysam: Pysam is a Python module for reading and manipulating SAM/BAM/VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the htslib C-API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix.
pysam - Pysam is a Python module for reading and manipulating SAM/BAM/VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the htslib C-API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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BAM
SAM
open-source
sequencing
software
BAMSAMopen-sourcesequencingsoftware
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1mskcc/RNAseqDB
RNAseqDB Github page see https://www.nature.com/articles/sdata201861#f2
vor 6 Jahren von @marcsaric
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normalization
open-source
pipeline
rna-seq
software
normalizationopen-sourcepipelinerna-seqsoftware
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1TheJacksonLaboratory/Computational-Genome-Analysis: Website for Computational Exome and Genome Analysis
Computational-Genome-Analysis - Website for Computational Exome and Genome Analysis
vor 6 Jahren von @marcsaric
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genomics
rna-seq
sequencing
software
wes
genomicsrna-seqsequencingsoftwarewes
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1Mosdepth: quick coverage calculation for genomes and exomes | Bioinformatics | Oxford Academic
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/5/867/4583630
vor 6 Jahren von @marcsaric
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exome
fulltext
paper
rna-seq
sequencing-depth
software
exomefulltextpaperrna-seqsequencing-depthsoftware
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1Genome Browser FAQ
The BED file format definition.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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bed
file-format
genomebrowser
sequencing
software
bedfile-formatgenomebrowsersequencingsoftware
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2FASTX-Toolkit
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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rna-seqsoftware
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1PRINSEQ @ SourceForge.net
http://prinseq.sourceforge.net/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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open-source
rna-seq
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1Chipster
https://chipster.csc.fi/screenshots.shtml
vor 6 Jahren von @marcsaric
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rna-seq
software
open-sourcerna-seqsoftware
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13Bibliography and Works Cited Generator for MLA, APA, Wikipedia and Bibtex - OttoBib.com
Generate bibliographies/works cited pages for books - just enter the ISBN(s) of the book(s) you've cited in your paper.
vor 6 Jahren von @marcsaric
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bibtexgeneratorisbnsoftware
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1DeepBlue Epigenomics Server MPI-Inf
http://deepblue.mpi-inf.mpg.de/dashboard.php#ajax/dashboard.php
vor 6 Jahren von @marcsaric
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epigenetic
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2MSIsensor-pro: Fast, Accurate, and Matched-normal-sample-free Detection of Microsatellite Instability
P. Jia, X. Yang, L. Guo, B. Liu, J. Lin, H. Liang, J. Sun, C. Zhang, und K. Ye. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 18 (1): 65-71 (2020)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
immunology
shouldread
software
cancer-researchimmunologyshouldreadsoftware
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1Uniform genomic data analysis in the NCI Genomic Data Commons
Z. Zhang, K. Hernandez, J. Savage, S. Li, D. Miller, S. Agrawal, F. Ortuno, L. Staudt, A. Heath, und R. Grossman. Nature Communications, 12 (1): 1--11 (Februar 2021)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
gdc
shouldread
software
cancer-researchfulltextgdcshouldreadsoftware
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1Comparative analysis of transcriptomic profile, histology, and IDH mutation for classification of gliomas
P. Tran, L. Tran, J. Nechtman, B. dos Santos, S. Purohit, K. Satter, B. Dun, R. Kolhe, S. Sharma, R. Bollag und 1 andere Autor(en). Scientific Reports, 10 (1): 20651-- (2020)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
classification
fulltext
glioma
machine-learning
software
cancer-researchclassificationfulltextgliomamachine-learningsoftware
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1A meta-learning approach for genomic survival analysis
Y. Qiu, H. Zheng, A. Devos, H. Selby, und O. Gevaert. Nature Communications, 11 (1): 6350-- (2020)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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fulltext
machine-learning
software
fulltextmachine-learningsoftware
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2Free-access copy-number variant detection tools for targeted next-generation sequencing data
I. Roca, L. González-Castro, H. Fernández, M. Couce, und A. Fernández-Marmiesse. Mutation Research/Reviews in Mutation Research, (2019)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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paywall
review
shouldread
software
structural-variation
paywallreviewshouldreadsoftwarestructural-variation
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2CGHcall: calling aberrations for array CGH tumor profiles
M. Van De Wiel, K. Kim, S. Vosse, W. Van Wieringen, S. Wilting, und B. Ylstra. Bioinformatics, 23 (7): 892--894 (2007)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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bioconductor
cancer-research
fulltext
microarray
r-language
software
structural-variation
bioconductorcancer-researchfulltextmicroarrayr-languagesoftwarestructural-variation
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1CopywriteR: DNA copy number detection from off-target sequence data
T. Kuilman, A. Velds, K. Kemper, M. Ranzani, L. Bombardelli, M. Hoogstraat, E. Nevedomskaya, G. Xu, J. de Ruiter, M. Lolkema und 7 andere Autor(en). Genome Biology, 16 (1): 49 (27.02.2015)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
ngs
software
structural-variation
cancer-researchfulltextngssoftwarestructural-variation
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1mskcc/vcf2maf: vcf2maf v1.6.16
C. Kandoth, J. Gao, qwangmsk, M. Mattioni, A. Struck, Y. Boursin, A. Penson, und S. Chavan. (Februar 2018)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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fulltext
software
zenodo
fulltextsoftwarezenodo
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1ggbio: an R package for extending the grammar of graphics for genomic data
T. Yin, D. Cook, und M. Lawrence. Genome Biology, 13 (8): R77 (31.08.2012)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
r
software
cancer-researchfulltextrsoftware
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1Inferring structural variant cancer cell fraction
M. Cmero, K. Yuan, C. Ong, J. Schröder, D. Adams, P. Anur, R. Beroukhim, P. Boutros, D. Bowtell, P. Campbell und 68 andere Autor(en). Nature Communications, 11 (1): 730-- (2020)
vor 3 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
software
cancer-researchsoftware
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1Qualimap: evaluating next-generation sequencing alignment data
F. Garc\'ıa-Alcalde, K. Okonechnikov, J. Carbonell, L. Cruz, S. Götz, S. Tarazona, J. Dopazo, T. Meyer, und A. Conesa. Bioinformatics, 28 (20): 2678--2679 (2012)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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fulltext
mustread
next-generation-sequencing
quality-control
software
fulltextmustreadnext-generation-sequencingquality-controlsoftware
(1)
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1MuSiC: Identifying mutational significance in cancer genomes
N. Dees, Q. Zhang, C. Kandoth, M. Wendl, W. Schierding, D. Koboldt, T. Mooney, M. Callaway, D. Dooling, E. Mardis und 2 andere Autor(en). Genome Research, 22 (8, /content/22/8.cover.gif): 1589-1598 (2012)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
drivers
fulltext
methylation
pipeline
rna-seq
shouldread
software
wgs
wxs
cancer-researchdriversfulltextmethylationpipelinerna-seqshouldreadsoftwarewgswxs
(0)
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1BiCoN: Network-constrained biclustering of patients and omics data
O. Lazareva, H. Van Do, S. Canzar, K. Yuan, J. Baumbach, D. Blumenthal, P. Tieri, T. Kacprowski, und M. List. bioRxiv, (2020)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
clustering
fulltext
software
cancer-researchclusteringfulltextsoftware
(0)
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1VcfR: a package to manipulate and visualize VCF format data in R
B. Knaus, und N. Grünwald. bioRxiv, (2016)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
software
variant-annotation
vcf
cancer-researchfulltextsoftwarevariant-annotationvcf
(0)
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1Maftools: efficient and comprehensive analysis of somatic variants in cancer
A. Mayakonda, D. Lin, Y. Assenov, C. Plass, und H. Koeffler. Genome Research, 28 (11, /content/28/11.cover.gif): 1747-1756 (2018)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
maf
shouldread
snv
software
vcf
cancer-researchfulltextmafshouldreadsnvsoftwarevcf
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1VIVA (VIsualization of VAriants): A VCF File Visualization Tool
G. Tollefson, J. Schuster, F. Gelin, A. Agudelo, A. Ragavendran, I. Restrepo, P. Stey, J. Padbury, und A. Uzun. Scientific Reports, 9 (1): 12648-- (2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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fulltext
shouldread
software
variant-calling
vcf
fulltextshouldreadsoftwarevariant-callingvcf
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1Uniform Genomic Data Analysis in the NCI Genomic Data Commons
Z. Zhang, K. Hernandez, J. Savage, S. Li, D. Miller, S. Agrawal, F. Ortuno, L. Staudt, A. Heath, und R. Grossman. bioRxiv, (2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
gdc
mustread
pipeline
software
tcga
workflow
cancer-researchfulltextgdcmustreadpipelinesoftwaretcgaworkflow
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1pyCancerSig: subclassifying human cancer with comprehensive single nucleotide, structural and microsatellite mutational signature deconstruction from whole genome sequencing
J. Thutkawkorapin, J. Eisfeldt, E. Tham, und D. Nilsson. bioRxiv, (2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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shouldread
software
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1The Ensembl Variant Effect Predictor
W. McLaren, L. Gil, S. Hunt, H. Riat, G. Ritchie, A. Thormann, P. Flicek, und F. Cunningham. Genome Biology, 17 (1): 122 (2016)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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annotation
dna-sequencing
fulltext
shouldread
snp
snv
software
variant-calling
annotationdna-sequencingfulltextshouldreadsnpsnvsoftwarevariant-calling
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1igv.js: an embeddable JavaScript implementation of the Integrative Genomics Viewer (IGV)
J. Robinson, H. Thorvaldsdóttir, D. Turner, und J. Mesirov. bioRxiv, (2020)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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