salotz > molecular-dynamics

закладки (спрятать)1
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

1Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects | Vol 1850, Iss 5, Pgs 859-1098, (May 2015) | ScienceDirect.com
Recent developments of molecular dynamics
8 лет назад , @salotz
molecular-dynamics
molecular-dynamics
(0)
копироватьудалить
- Запись сообщества
- посмотреть историю записи

&lang;&lang;
⟨
1
&rang;
⟩⟩

публикации (спрятать)128
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...

1Efficiently sampling conformations and pathways using the concurrent adaptive sampling (CAS) algorithm
S. Ahn, J. Grate, и E. Darve. The Journal of Chemical Physics, 147 (7): 074115-- (августа 2017)
6 лет назад , @salotz
committor-probabilities
enhanced-sampling
md
molecular-dynamics
transition-path-theory
transition-probabilities
we
weighted-ensemble
committor-probabilitiesenhanced-samplingmdmolecular-dynamicstransition-path-theorytransition-probabilitiesweweighted-ensemble
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Heterogeneous Path Ensembles for Conformational Transitions in Semiatomistic Models of Adenylate Kinase
D. Bhatt, и D. Zuckerman. Journal of Chemical Theory and Computation, 6 (11): 3527-3539 (2010)
6 лет назад , @salotz
enhanced-sampling
molecular-dynamics
protein
weighted-ensemble
enhanced-samplingmolecular-dynamicsproteinweighted-ensemble
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Steady-state simulations using weighted ensemble path sampling
D. Bhatt, B. Zhang, и D. Zuckerman. The Journal of Chemical Physics, 133 (1): 014110-- (июля 2010)
6 лет назад , @salotz
enhanced-sampling
equilibrium-distribution-sampling
molecular-dynamics
steady-state-sampling
we
weighted-ensemble
enhanced-samplingequilibrium-distribution-samplingmolecular-dynamicssteady-state-samplingweweighted-ensemble
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Umbrella sampling for nonequilibrium processes
A. Warmflash, P. Bhimalapuram, и A. Dinner. The Journal of Chemical Physics, 127 (15): 154112-- (октября 2007)
6 лет назад , @salotz
molecular-dynamics
nonequilibrium-ensemble
sampling
umbrella-sampling
molecular-dynamicsnonequilibrium-ensemblesamplingumbrella-sampling
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Rapid equilibrium sampling initiated from nonequilibrium data
X. Huang, G. Bowman, S. Bacallado, и V. Pande. Proceedings of the National Academy of Sciences, 106 (47): 19765--19769 (2009)
6 лет назад , @salotz
equilibrium
generalized-ensemble
molecular-dynamics
nonequilibrium-to-equilibrium
relaxation
replica-exchange
equilibriumgeneralized-ensemblemolecular-dynamicsnonequilibrium-to-equilibriumrelaxationreplica-exchange
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
3ANI-1: an extensible neural network potential with DFT accuracy at force field computational cost
J. Smith, O. Isayev, и A. Roitberg. Chem. Sci., 8 (4): 3192-3203 (2017)
6 лет назад , @salotz
force-field
machine-learning
molecular-dynamics
neural-network
quantum-chemistry
quantum-force-fields
force-fieldmachine-learningmolecular-dynamicsneural-networkquantum-chemistryquantum-force-fields
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Investigating Drug-Target Residence Time in Kinases through Enhanced Sampling Simulations
D. Gobbo, V. Piretti, R. Di Martino, S. Tripathi, B. Giabbai, P. Storici, N. Demitri, S. Girotto, S. Decherchi, и A. Cavalli. Journal of chemical theory and computation, (2019)
5 лет назад , @salotz
enhanced-sampling
ligand-binding
ligand-unbinding
md
molecular-dynamics
enhanced-samplingligand-bindingligand-unbindingmdmolecular-dynamics
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
2Predicting ligand binding affinity using on- and off-rates for the SAMPL6 SAMPLing challenge
T. Dixon, S. Lotz, и A. Dickson. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 32 (10): 1001--1012 (01.10.2018)
4 лет назад , @salotz
SAMPL
drug-design
enhanced-sampling
ligand-binding
molecular-dynamics
weighted-ensemble
SAMPLdrug-designenhanced-samplingligand-bindingmolecular-dynamicsweighted-ensemble
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1GPU-accelerated molecular modeling coming of age
J. Stone, D. Hardy, I. Ufimtsev, и K. Schulten. Journal of Molecular Graphics and Modelling, 29 (2): 116--125 (2010)
4 лет назад , @salotz
GPU
molecular-dynamics
simulations
software
GPUmolecular-dynamicssimulationssoftware
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Enzyme selectivity of HIV reverse transcriptase: conformations, ligands, and free energy partition
S. Kirmizialtin, K. Johnson, и R. Elber. The Journal of Physical Chemistry B, 119 (35): 11513--11526 (2015)
4 лет назад , @salotz
drug-design
ligand-binding
milestoning
molecular-dynamics
drug-designligand-bindingmilestoningmolecular-dynamics
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Accurate estimation of protein folding and unfolding times: beyond Markov state models
E. Suárez, J. Adelman, и D. Zuckerman. Journal of chemical theory and computation, 12 (8): 3473--3481 (2016)
4 лет назад , @salotz
enhanced-sampling
markov-state-models
molecular-dynamics
path-sampling
rate-estimates
weighted-ensemble
enhanced-samplingmarkov-state-modelsmolecular-dynamicspath-samplingrate-estimatesweighted-ensemble
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Beyond microscopic reversibility: Are observable nonequilibrium processes precisely reversible?
D. Bhatt, и D. Zuckerman. Journal of chemical theory and computation, 7 (8): 2520--2527 (2011)
4 лет назад , @salotz
enhanced-sampling
equilibrium
molecular-dynamics
non-equilibrium
path-sampling
enhanced-samplingequilibriummolecular-dynamicsnon-equilibriumpath-sampling
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Sampling ensembles of deterministic transition pathways
P. Bolhuis, и others. Faraday Discussions, (1998)
4 лет назад , @salotz
enhanced-sampling
molecular-dynamics
transition-path-sampling
transition-path-theory
enhanced-samplingmolecular-dynamicstransition-path-samplingtransition-path-theory
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Gaussian accelerated molecular dynamics: Unconstrained enhanced sampling and free energy calculation
Y. Miao, V. Feher, и J. McCammon. Journal of chemical theory and computation, 11 (8): 3584--3595 (2015)
4 лет назад , @salotz
accelerated-molecular-dynamics
enhanced-sampling
lysozyme
molecular-dynamics
accelerated-molecular-dynamicsenhanced-samplinglysozymemolecular-dynamics
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Capturing invisible motions in the transition from ground to rare excited states of T4 lysozyme L99A
J. Schiffer, V. Feher, R. Malmstrom, R. Sida, и R. Amaro. Biophysical journal, 111 (8): 1631--1640 (2016)
4 лет назад , @salotz
anton
lysozyme
molecular-dynamics
antonlysozymemolecular-dynamics
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
4GROMACS: fast, flexible, and free
D. Van Der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. Mark, и H. Berendsen. Journal of computational chemistry, 26 (16): 1701--1718 (2005)
4 лет назад , @salotz
md-engine
molecular-dynamics
md-enginemolecular-dynamics
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1AMBER, a package of computer programs for applying molecular mechanics, normal mode analysis, molecular dynamics and free energy calculations to simulate the structural and energetic properties of molecules
D. Pearlman, D. Case, J. Caldwell, W. Ross, T. Cheatham III, S. DeBolt, D. Ferguson, G. Seibel, и P. Kollman. Computer Physics Communications, 91 (1-3): 1--41 (1995)
4 лет назад , @salotz
md-engine
molecular-dynamics
md-enginemolecular-dynamics
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Scalable algorithms for molecular dynamics simulations on commodity clusters
K. Bowers, D. Chow, H. Xu, R. Dror, M. Eastwood, B. Gregersen, J. Klepeis, I. Kolossvary, M. Moraes, и F. Sacerdoti. SC'06: Proceedings of the 2006 ACM/IEEE Conference on Supercomputing, стр. 43--43. IEEE, (2006)
4 лет назад , @salotz
md-engine
molecular-dynamics
md-enginemolecular-dynamics
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1The atomic simulation environment -- a Python library for working with atoms
A. Larsen, J. Mortensen, J. Blomqvist, I. Castelli, R. Christensen, M. Dułak, J. Friis, M. Groves, B. Hammer, и C. Hargus. Journal of Physics: Condensed Matter, 29 (27): 273002 (2017)
4 лет назад , @salotz
md-engine
molecular-dynamics
molecular-physics
md-enginemolecular-dynamicsmolecular-physics
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер
1Kinetics and Free Energy of Ligand Dissociation Using Weighted Ensemble Milestoning
D. Ray, T. Gokey, D. Mobley, и I. Andricioaei. (2020)cite arxiv:2007.09325.
4 лет назад , @salotz
free-energy
kinetics
molecular-dynamics
weighted-ensemble
wem
free-energykineticsmolecular-dynamicsweighted-ensemblewem
(0)
копироватьудалитьдобавить публикацию в буфер

&lang;&lang;
⟨
1
2
3
&rang;
⟩⟩

BibSonomy

закладки (спрятать)1
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

1Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects | Vol 1850, Iss 5, Pgs 859-1098, (May 2015) | ScienceDirect.com

публикации (спрятать)128
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...

1Efficiently sampling conformations and pathways using the concurrent adaptive sampling (CAS) algorithm

1Heterogeneous Path Ensembles for Conformational Transitions in Semiatomistic Models of Adenylate Kinase

1Steady-state simulations using weighted ensemble path sampling

1Umbrella sampling for nonequilibrium processes

1Rapid equilibrium sampling initiated from nonequilibrium data

3ANI-1: an extensible neural network potential with DFT accuracy at force field computational cost

1Investigating Drug-Target Residence Time in Kinases through Enhanced Sampling Simulations

2Predicting ligand binding affinity using on- and off-rates for the SAMPL6 SAMPLing challenge

1GPU-accelerated molecular modeling coming of age

1Enzyme selectivity of HIV reverse transcriptase: conformations, ligands, and free energy partition

1Accurate estimation of protein folding and unfolding times: beyond Markov state models

1Beyond microscopic reversibility: Are observable nonequilibrium processes precisely reversible?

1Sampling ensembles of deterministic transition pathways

1Gaussian accelerated molecular dynamics: Unconstrained enhanced sampling and free energy calculation

1Capturing invisible motions in the transition from ground to rare excited states of T4 lysozyme L99A

4GROMACS: fast, flexible, and free

1AMBER, a package of computer programs for applying molecular mechanics, normal mode analysis, molecular dynamics and free energy calculations to simulate the structural and energetic properties of molecules

1Scalable algorithms for molecular dynamics simulations on commodity clusters

1The atomic simulation environment -- a Python library for working with atoms

1Kinetics and Free Energy of Ligand Dissociation Using Weighted Ensemble Milestoning

просмотр

сходные по теме тэги

концепции

тэги

закладки (спрятать)1 показатьвсётолько закладкизакладки на страницу5102050100 RSSBibTeXXML

публикации (спрятать)128 показатьвсётолько публикациипубликации на страницу5102050100 расширенный... RSSBibTeXRDFдальше...

просмотр

сходные по теме тэги

тэги

закладки (спрятать)1
показать
всё
только закладки
закладки на страницу
5
10
20
50
100
RSS
BibTeX
XML

публикации (спрятать)128
показать
всё
только публикации
публикации на страницу
5
10
20
50
100
расширенный...
RSS
BibTeX
RDF
дальше...