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1Journal of Biomedical Science and Engineering
JBiSE is an openly accessible journal published monthly. All manuscripts must be prepared in English, and are subject to a rigorous peer-review process. Accepted papers will immediately appear online followed by printed in hard copy.
vor 13 Jahren von @journals
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Bioelectrical
Bioinformatics
Biomaterials
Biomechanics
Genomics
NMR/CT/ECG
Proteomics
artificial-organs
biotransport
sensors
BioelectricalBioinformaticsBiomaterialsBiomechanicsGenomicsNMR/CT/ECGProteomicsartificial-organsbiotransportsensors
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1Reactome
http://www.reactome.org/ReactomeGWT/entrypoint.html#FrontPage.7811
vor 14 Jahren von @kubu4
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bioinformatics
genomics
science
bioinformaticsgenomicsscience
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1ADMIXTURE
http://www.genetics.ucla.edu/software/admixture/
vor 14 Jahren von @iblis
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genomics
open_source
software
statistics
genomicsopen_sourcesoftwarestatistics
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1Stanford Human Genome Diversity Project SNP Genotyping Data
http://hagsc.org/hgdp/files.html
vor 14 Jahren von @iblis
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bioanthropology
data
genomics
open_access
bioanthropologydatagenomicsopen_access
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1HapMap
http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/
vor 14 Jahren von @iblis
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bioanthropology
bioinformatics
biology
database
dna
genetics
genomics
open_access
bioanthropologybioinformaticsbiologydatabasednageneticsgenomicsopen_access
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1Software
http://genepath.med.harvard.edu/~reich/Software.htm
vor 14 Jahren von @iblis
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genomics
open_source
software
genomicsopen_sourcesoftware
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1R/Bioconductor. A short course
http://wiki.biostat.berkeley.edu/~bullard/courses/T-mexico-08/
vor 14 Jahren von @iblis
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bioinformatics
course
genomics
r
statistics
tutorial
bioinformaticscoursegenomicsrstatisticstutorial
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8Bioconductor
http://www.bioconductor.org/
vor 14 Jahren von @iblis
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R
bioinformatics
genomics
open_source
statistics
Rbioinformaticsgenomicsopen_sourcestatistics
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1Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences
http://genomebiology.com/2010/11/8/R86/abstract
vor 14 Jahren von @sr320
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galaxy
genomics
ngs
paper
galaxygenomicsngspaper
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1The missing graphical user interface for genomics
http://genomebiology.com/2010/11/8/128/abstract
vor 14 Jahren von @sr320
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galaxy
genomics
ngs
paper
software
galaxygenomicsngspapersoftware
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1Computational Exome and Genome Analysis
P. Robinson, R. Piro, und M. Jäger. CRC Press, Taylor & Francis Group, Boca Raton, FL, (2018)
vor 6 Jahren von @marcsaric
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MUSTREAD
exome
genomics
textbook
MUSTREADexomegenomicstextbook
(1)
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2NCBI GEO: archive for functional genomics data sets--update
T. Barrett, S. Wilhite, P. Ledoux, C. Evangelista, I. Kim, M. Tomashevsky, K. Marshall, K. Phillippy, P. Sherman, M. Holko und 7 andere Autor(en). Nucleic Acids Res, 41 (Database issue): 991-995 (Januar 2013)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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database
genomics
microarray
databasegenomicsmicroarray
(0)
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2ArrayExpress update--simplifying data submissions
N. Kolesnikov, E. Hastings, M. Keays, O. Melnichuk, Y. Tang, E. Williams, M. Dylag, N. Kurbatova, M. Brandizi, T. Burdett und 8 andere Autor(en). Nucleic Acids Res, 43 (Database issue): 1113-1116 (Januar 2015)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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database
genomics
microarray
databasegenomicsmicroarray
(0)
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1Clostridioides difficile 630Δerm in silico and in vivo – quantitative growth and extensive polysaccharide secretion
H. Dannheim, S. Will, D. Schomburg, und M. Neumann-Schaal. FEBS Open Bio, 7 (4): 602--615 (2017)
vor 7 Jahren von @brenda_bs
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Clostridioides
difficile
genomics
myown
polysaccharide
secretion
Clostridioidesdifficilegenomicsmyownpolysaccharidesecretion
(0)
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1Public data and open source tools for multi-assay genomic investigation of disease
L. Kannan, M. Ramos, A. Re, N. El-Hachem, Z. Safikhani, D. Gendoo, S. Davis, D. Gomez-Cabrero, R. Castelo, K. Hansen und 5 andere Autor(en). Brief Bioinform, 17 (4): 603-615 (Juli 2016)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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MUSTREAD
database
fulltext
genomics
review
software
MUSTREADdatabasefulltextgenomicsreviewsoftware
(0)
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2Savant Genome Browser 2: visualization and analysis for population-scale genomics
M. Fiume, E. Smith, A. Brook, D. Strbenac, B. Turner, A. Mezlini, M. Robinson, S. Wodak, und M. Brudno. Nucleic Acids Res, 40 (Web Server issue): 615-621 (Juli 2012)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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database
fulltext
genomics
databasefulltextgenomics
(0)
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3Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists
M. Li, M. Datto, E. Duncavage, S. Kulkarni, N. Lindeman, S. Roy, A. Tsimberidou, C. Vnencak-Jones, D. Wolff, A. Younes und 1 andere Autor(en). J Mol Diagn, 19 (1): 4-23 (Januar 2017)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
genomics
therapy
cancer-researchgenomicstherapy
(0)
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1DNA Sequence Analysis in Clinical Medicine, Proceeding Cautiously
M. Smith. Front Mol Biosci, (2017)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
genomics
personalized-medicine
precision-medicine
therapy
cancer-researchfulltextgenomicspersonalized-medicineprecision-medicinetherapy
(0)
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4Mutational landscape and clonal architecture in grade II and III gliomas
H. Suzuki, K. Aoki, K. Chiba, Y. Sato, Y. Shiozawa, Y. Shiraishi, T. Shimamura, A. Niida, K. Motomura, F. Ohka und 21 andere Autor(en). Nat Genet, 47 (5): 458-468 (Mai 2015)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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PAYWALL
cancer-research
genomics
glioma
PAYWALLcancer-researchgenomicsglioma
(1)
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1From human genome to cancer genome: the first decade
D. Wheeler, und L. Wang. Genome Res, 23 (7): 1054-1062 (Juli 2013)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
genomics
cancer-researchfulltextgenomics
(0)
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3Cancer genome landscapes
B. Vogelstein, N. Papadopoulos, V. Velculescu, S. Zhou, L. Diaz, und K. Kinzler. Science, 339 (6127): 1546-1558 (März 2013)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
funding
genomics
cancer-researchfundinggenomics
(0)
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3Next-generation genomics: an integrative approach
R. Hawkins, G. Hon, und B. Ren. Nat Rev Genet, 11 (7): 476-486 (Juli 2010)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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fulltext
genomics
tcga
fulltextgenomicstcga
(0)
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1A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)
T. Consortium. PLOS Biology, 9 (4): 1-21 (April 2011)
vor 7 Jahren von @marcsaric
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ENCODE
SHOULDREAD
database
genomics
ENCODESHOULDREADdatabasegenomics
(0)
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2Comprehensive molecular, genomic and phenotypic analysis of a major clone of Enterococcus faecalis MLST ST40
M. Zischka, C. Künne, J. Blom, D. Wobser, T. Sakιnç, K. Schmidt-Hohagen, P. Dabrowski, A. Nitsche, J. Hübner, T. Hain und 22 andere Autor(en). BMC Genomics, 16 (1): 175 (März 2015)
vor 8 Jahren von @l3s
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Enterococcus
analysis
faecilis
genomics
Enterococcusanalysisfaecilisgenomics
(0)
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1The ant colony algorithm for feature selection in high-dimension gene expression data for disease classification
K. Robbins, W. Zhang, J. Bertrand, und R. Rekaya. Mathematical Medicine and Biology, 24 (4): 413-426 (2007)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2007
genomics
methodology
2007genomicsmethodology
(0)
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2Effects of misdiagnosis in input data on the identification of differential expression genes in incipient Alzheimer patients
S. Joseph, K. Robbins, W. Zhang, und R. Rekaya. In Silico Biology, (2008)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2008
genomics
2008genomics
(0)
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1Technical note: Computing strategies in genome-wide selection
A. Legarra, und I. Misztal. Journal of Dairy Science, 91 (1): 360 - 366 (2008)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2008
computation
genomics
methodology
2008computationgenomicsmethodology
(0)
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1Technical note: Computing options for genetic evaluation with a large number of genetic markers
S. Tsuruta, und I. Misztal. Journal of Animal Science, 86 (7): 1514--1518 (März 2008)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2008
genomics
methodology
simulation
2008genomicsmethodologysimulation
(0)
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1Different methods of selecting animals for genotyping to maximize the amount of genetic information known in the population
M. Spangler, R. Sapp, J. Bertrand, M. MacNeil, und R. Rekaya. Journal of Animal Science, 86 (10): 2471--2479 (Oktober 2008)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2008
genomics
methodology
2008genomicsmethodology
(0)
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1A comprehensive analysis of gene expression evolution between humans and mice
Y. Wang, und R. Rekaya. Evolutionary Bioinformatics, (2009)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2009
genomics
methodology
2009genomicsmethodology
(0)
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1Ant colony optimization as a method for strategic genotype sampling
M. Spangler, K. Robbins, J. Bertrand, M. MacNeil, und R. Rekaya. Animal Genetics, 40 (3): 308--314 (2009)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2009
genomics
methodology
2009genomicsmethodology
(0)
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1A relationship matrix including full pedigree and genomic information
A. Legarra, I. Aguilar, und I. Misztal. Journal of Dairy Science, 92 (9): 4656 - 4663 (2009)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2009
computation
genomics
methodology
2009computationgenomicsmethodology
(0)
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1Computing procedures for genetic evaluation including phenotypic, full pedigree, and genomic information
I. Misztal, A. Legarra, und I. Aguilar. Journal of Dairy Science, 92 (9): 4648 - 4655 (2009)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2009
genomics
methodology
software
2009genomicsmethodologysoftware
(0)
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1LSOSS: Detection of cancer outlier differential gene expression
Y. Wang, und R. Rekaya. Biomarker Insights, (2010)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2010
genomics
methodology
2010genomicsmethodology
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1Omega-6 Fat Supplementation Alters Lipogenic Gene Expression in Bovine Subcutaneous Adipose Tissue
S. Joseph, S. Pratt, E. Pavan, R. Rekaya, und S. Duckett. GRSB, (Oktober 2010)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2010
genomics
2010genomics
(0)
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1Comparison of Two Output-Coding Strategies for Multi-Class Tumor Classification Using Gene Expression Data and Latent Variable Model as Binary Classifier
S. Joseph, K. Robbins, W. Zhang, und R. Rekaya. Cancer Informatics, (2010)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2010
genomics
methodology
2010genomicsmethodology
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1Hot topic: A unified approach to utilize phenotypic, full pedigree, and genomic information for genetic evaluation of Holstein final score
I. Aguilar, I. Misztal, D. Johnson, A. Legarra, S. Tsuruta, und T. Lawlor. Journal of Dairy Science, 93 (2): 743 - 752 (2010)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2010
computation
dairy_cattle
genomics
methodology
2010computationdairy_cattlegenomicsmethodology
(0)
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1AntEpiSeeker: detecting epistatic interactions for case-control studies using a two-stage ant colony optimization algorithm
Y. Wang, X. Liu, K. Robbins, und R. Rekaya. BMC Research Notes, 3 (1): 117 (2010)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2010
genomics
methodology
software
2010genomicsmethodologysoftware
(0)
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1A jackknife-like method for classification and uncertainty assessment of multi-category tumor samples using gene expression information
W. Zhang, K. Robbins, Y. Wang, K. Bertrand, und R. Rekaya. BMC Genomics, 11 (1): 273 (2010)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2010
genomics
methodology
2010genomicsmethodology
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1Gene expression in hypothalamus, liver, and adipose tissues and food intake response to melanocortin-4 receptor agonist in pigs expressing melanocortin-4 receptor mutations
C. Barb, G. Hausman, R. Rekaya, C. Lents, S. Lkhagvadorj, L. Qu, W. Cai, O. Couture, L. Anderson, J. Dekkers und 1 andere Autor(en). Physiological Genomics, 41 (3): 254--268 (2010)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2010
genomics
pigs
2010genomicspigs
(0)
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1Comparison of Computational Models for Assessing Conservation of Gene Expression across Species
Y. Wang, K. Robbins, und R. Rekaya. PLoS ONE, 5 (10): e13239 (Oktober 2010)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2010
computation
genomics
2010computationgenomics
(0)
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1Genome-wide marker-assisted selection combining all pedigree phenotypic information with genotypic data in one step: An example using broiler chickens
C. Chen, I. Misztal, I. Aguilar, S. Tsuruta, T. Meuwissen, S. Aggrey, T. Wing, und W. Muir. Journal of Animal Science, 89 (1): 23--28 (Oktober 2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
chicken
genomics
2011chickengenomics
(0)
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1Ant colony algorithm for analysis of gene interaction in high-dimensional association data
R. Rekaya, und K. Robbins. Revista Brasileira de Zootecnia, (Juli 2009)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2009
genomics
methodology
2009genomicsmethodology
(0)
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1Different genomic relationship matrices for single-step analysis using phenotypic, pedigree and genomic information
S. Forni, I. Aguilar, und I. Misztal. Genetics Selection Evolution, 43 (1): 1 (2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
genomics
methodology
2011genomicsmethodology
(0)
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2Qxpak.5: Old mixed model solutions for new genomics problems
M. Perez-Enciso, und I. Misztal. BMC Bioinformatics, 12 (1): 202 (2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
genomics
software
2011genomicssoftware
(0)
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1Multiple trait genomic evaluation of conception rate in Holsteins
I. Aguilar, I. Misztal, S. Tsuruta, G. Wiggans, und T. Lawlor. Journal of Dairy Science, 94 (5): 2621 - 2624 (2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
dairy_cattle
genomics
2011dairy_cattlegenomics
(0)
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1Multiple-trait genomic evaluation of linear type traits using genomic and phenotypic data in \US\ Holsteins
S. Tsuruta, I. Misztal, I. Aguilar, und T. Lawlor. Journal of Dairy Science, 94 (8): 4198 - 4204 (2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
dairy_cattle
genomics
2011dairy_cattlegenomics
(0)
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1Effect of different genomic relationship matrices on accuracy and scale
C. Chen, I. Misztal, I. Aguilar, A. Legarra, und W. Muir. Journal of Animal Science, 89 (9): 2673--2679 (März 2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
chicken
genomics
methodology
2011chickengenomicsmethodology
(0)
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1Bias in genomic predictions for populations under selection
Z. VITEZICA, I. AGUILAR, I. MISZTAL, und A. LEGARRA. Genetics Research, 93 (05): 357--366 (Oktober 2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
genomics
methodology
2011genomicsmethodology
(0)
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1Evaluation of the utility of diagonal elements of the genomic relationship matrix as a diagnostic tool to detect mislabelled genotyped animals in a broiler chicken population
R. Simeone, I. Misztal, I. Aguilar, und A. Legarra. Journal of Animal Breeding and Genetics, 128 (5): 386--393 (2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
chicken
genomics
2011chickengenomics
(0)
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1Efficient computation of the genomic relationship matrix and other matrices used in single-step evaluation
I. Aguilar, I. Misztal, A. Legarra, und S. Tsuruta. Journal od Animal Breeding and Genetics, 128 (6): 422-428 (2011)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2011
computation
genomics
software
2011computationgenomicssoftware
(0)
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2SNPxGE2: a database for human SNP–coexpression associations
Y. Wang, S. Joseph, X. Liu, M. Kelley, und R. Rekaya. Bioinformatics, 28 (3): 403-410 (2012)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2012
genomics
software
2012genomicssoftware
(0)
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1Sample size determination for classifiers based on single-nucleotide polymorphisms
X. Liu, Y. Wang, R. Rekaya, und T. Sriram. Biostatistics, 13 (2): 217-227 (2012)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2012
genomics
methodology
2012genomicsmethodology
(0)
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1A multi-compartment model for genomic selection in multi-breed populations
E. Hay, und R. Rekaya. Livestock Science, (2015)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2015
genomics
methodology
2015genomicsmethodology
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1A structural model for genetic similarity in genomic selection of admixed populations
E. Hay, und R. Rekaya. Livestock Science, (2015)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2015
genomics
methodology
2015genomicsmethodology
(0)
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1A recursive algorithm for decomposition and creation of the inverse of the genomic relationship matrix
P. Faux, N. Gengler, und I. Misztal. Journal of Dairy Science, 95 (10): 6093 - 6102 (2012)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2012
genomics
methodology
2012genomicsmethodology
(0)
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1Genomic-polygenic evaluation of Angus-Brahman multibreed cattle for feed efficiency and postweaning growth using the Illumina 3K chip
M. Elzo, G. Lamb, D. Johnson, M. Thomas, I. Misztal, D. Rae, C. Martinez, J. Wasdin, und J. Driver. Journal of Animal Science, 90 (8): 2488--2497 (Juli 2012)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2012
beef_cattle
genomics
multibreed
2012beef_cattlegenomicsmultibreed
(0)
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1Genome-wide association mapping including phenotypes from relatives without genotypes
H. WANG, I. MISZTAL, I. AGUILAR, A. LEGARRA, und W. MUIR. Genetics Research, 94 (02): 73--83 (April 2012)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2012
GWAS
genomics
simulation
2012GWASgenomicssimulation
(0)
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1Evaluation of a multi-line broiler chicken population using a single-step genomic evaluation procedure
R. Simeone, I. Misztal, I. Aguilar, und Z. Vitezica. Journal of Animal Breeding and Genetics, 129 (1): 3--10 (2012)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2012
chicken
genomics
2012chickengenomics
(0)
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1Prediction accuracy for a simulated maternally affected trait of beef cattle using different genomic evaluation models
D. Lourenco, I. Misztal, H. Wang, I. Aguilar, S. Tsuruta, und J. Bertrand. Journal of Animal Science, 91 (9): 4090--4098 (Juli 2013)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2013
beef_cattle
genomics
simulation
2013beef_cattlegenomicssimulation
(0)
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1Genomic-polygenic evaluation for ultrasound and weight traits in Angus–Brahman multibreed cattle with the Illumina3k chip
M. Elzo, C. Martinez, G. Lamb, D. Johnson, M. Thomas, I. Misztal, D. Rae, J. Wasdin, und J. Driver. Livestock Science, 153 (1–3): 39 - 49 (2013)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2013
beef_cattle
genomics
multibreed
2013beef_cattlegenomicsmultibreed
(0)
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1Short communication: Genomic evaluations of final score for \US\ Holsteins benefit from the inclusion of genotypes on cows
S. Tsuruta, I. Misztal, und T. Lawlor. Journal of Dairy Science, 96 (5): 3332 - 3335 (2013)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2013
dairy_cattle
genomics
2013dairy_cattlegenomics
(0)
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1Unknown-parent groups in single-step genomic evaluation
I. Misztal, Z. Vitezica, A. Legarra, I. Aguilar, und A. Swan. Journal of Animal Breeding and Genetics, 130 (4): 252--258 (2013)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2013
genomics
methodology
2013genomicsmethodology
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1Experiences with a single-step genome evaluation
I. Misztal, S. Aggrey, und W. Muir. Poultry Science, 92 (9): 2530-2534 (2013)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2013
chicken
genomics
review
2013chickengenomicsreview
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1Methods to approximate reliabilities in single-step genomic evaluation
I. Misztal, S. Tsuruta, I. Aguilar, A. Legarra, P. VanRaden, und T. Lawlor. Journal of Dairy Science, 96 (1): 647 - 654 (2013)
vor 8 Jahren von @uga.abgg
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2013
genomics
methodology
2013genomicsmethodology
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1Changes in variance explained by top SNP windows over generations for three traits in broiler chicken
B. de Oliveira Fragomeni, I. Misztal, D. Lourenco, I. Aguilar, R. Okimoto, und W. Muir. Front. Genet., (Oktober 2014)
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2014
GWAS
chicken
genomics
2014GWASchickengenomics
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1Differences between genomic-based and pedigree-based relationships in a chicken population, as a function of quality control and pedigree links among individuals
H. Wang, I. Misztal, und A. Legarra. Journal of Animal Breeding and Genetics, 131 (6): 445--451 (2014)
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2014
chicken
genomics
2014chickengenomics
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1Single Step, a general approach for genomic selection
A. Legarra, O. Christensen, I. Aguilar, und I. Misztal. Livestock Science, (2014)Genomics Applied to Livestock Production.
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2014
genomics
methodology
review
2014genomicsmethodologyreview
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1Genome-wide association mapping including phenotypes from relatives without genotypes in a single-step (ssGWAS) for 6-week body weight in broiler chickens
H. Wang, I. Misztal, I. Aguilar, A. Legarra, R. Fernando, Z. Vitezica, R. Okimoto, T. Wing, R. Hawken, und W. Muir. Front. Genet., (Mai 2014)
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2014
GWAS
chicken
genomics
2014GWASchickengenomics
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1Assigning unknown parent groups to reduce bias in genomic evaluations of final score in \US\ Holsteins
S. Tsuruta, I. Misztal, D. Lourenco, und T. Lawlor. Journal of Dairy Science, 97 (9): 5814 - 5821 (2014)
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2014
dairy_cattle
genomics
2014dairy_cattlegenomics
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1Are evaluations on young genotyped animals benefiting from the past generations?
D. Lourenco, I. Misztal, S. Tsuruta, I. Aguilar, T. Lawlor, S. Forni, und J. Weller. Journal of Dairy Science, 97 (6): 3930 - 3942 (2014)
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2014
dairy_cattle
genomics
2014dairy_cattlegenomics
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1Using recursion to compute the inverse of the genomic relationship matrix
I. Misztal, A. Legarra, und I. Aguilar. Journal of Dairy Science, 97 (6): 3943 - 3952 (2014)
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2014
APY
genomics
methodology
2014APYgenomicsmethodology
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1Methods for genomic evaluation of a relatively small genotyped dairy population and effect of genotyped cow information in multiparity analyses
D. Lourenco, I. Misztal, S. Tsuruta, I. Aguilar, E. Ezra, M. Ron, A. Shirak, und J. Weller. Journal of Dairy Science, 97 (3): 1742 - 1752 (2014)
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2014
dairy_cattle
genomics
2014dairy_cattlegenomics
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1Technical note: Acceleration of sparse operations for average-information REML analyses with supernodal methods and sparse-storage refinements
Y. Masuda, I. Aguilar, S. Tsuruta, und I. Misztal. Journal of Animal Science, 93 (10): 4670 (2015)
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2015
computation
genomics
methodology
2015computationgenomicsmethodology
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1Accuracy of estimated breeding values with genomic information on males, females, or both: an example on broiler chicken
D. Lourenco, B. Fragomeni, S. Tsuruta, I. Aguilar, B. Zumbach, R. Hawken, A. Legarra, und I. Misztal. Genetics Selection Evolution, (Juli 2015)
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2015
chicken
genomics
2015chickengenomics
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1Genotype by environment interactions on culling rates and 305-day milk yield of Holstein cows in 3 \US\ regions
S. Tsuruta, D. Lourenco, I. Misztal, und T. Lawlor. Journal of Dairy Science, 98 (8): 5796 - 5805 (2015)
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2015
GxE
dairy_cattle
genomics
2015GxEdairy_cattlegenomics
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1Genetic evaluation using single-step genomic best linear unbiased predictor in American Angus
D. Lourenco, S. Tsuruta, B. Fragomeni, Y. Masuda, I. Aguilar, A. Legarra, J. Bertrand, T. Amen, L. Wang, D. Moser und 1 andere Autor(en). Journal of Animal Science, 93 (6): 2653 (2015)
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2015
APY
beef_cattle
genomics
2015APYbeef_cattlegenomics
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1Ancestral Relationships Using Metafounders: Finite Ancestral Populations and Across Population Relationships
A. Legarra, O. Christensen, Z. Vitezica, I. Aguilar, und I. Misztal. Genetics, 200 (2): 455--468 (April 2015)
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2015
genomics
metafounders
methodology
2015genomicsmetafoundersmethodology
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1Use of genomic recursions and algorithm for proven and young animals for single-step genomic BLUP analyses – a simulation study
B. Fragomeni, D. Lourenco, S. Tsuruta, Y. Masuda, I. Aguilar, und I. Misztal. Journal of Animal Breeding and Genetics, 132 (5): 340--345 (2015)
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2015
APY
genomics
simulation
2015APYgenomicssimulation
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1Hot topic: Use of genomic recursions in single-step genomic best linear unbiased predictor (BLUP) with a large number of genotypes
B. Fragomeni, D. Lourenco, S. Tsuruta, Y. Masuda, I. Aguilar, A. Legarra, T. Lawlor, und I. Misztal. Journal of Dairy Science, 98 (6): 4090 - 4094 (2015)
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2015
APY
dairy_cattle
genomics
2015APYdairy_cattlegenomics
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1Quality Control of Genotypes Using Heritability Estimates of Gene Content at the Marker
N. Forneris, A. Legarra, Z. Vitezica, S. Tsuruta, I. Aguilar, I. Misztal, und R. Cantet. Genetics, 199 (3): 675--681 (Januar 2015)
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2015
genomics
methodology
2015genomicsmethodology
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1Prior genetic architecture impacting genomic regions under selection: An example using genomic selection in two poultry breeds
X. Zhang, I. Misztal, M. Heidaritabar, J. Bastiaansen, R. Borg, R. Okimoto, R. Sapp, T. Wing, R. Hawken, D. Lourenco und 3 andere Autor(en). Livestock Science, (2015)
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2015
chicken
genomics
2015chickengenomics
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1Genomic BLUP including additive and dominant variation in purebreds and F1 crossbreds, with an application in pigs
Z. Vitezica, L. Varona, J. Elsen, I. Misztal, W. Herring, und A. Legarra. Genetics Selection Evolution, (Januar 2016)
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2016
crossbreeding
genomics
pigs
2016crossbreedinggenomicspigs
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1Crossbreed evaluations in single-step genomic best linear unbiased predictor using adjusted realized relationship matrices
D. Lourenco, S. Tsuruta, B. Fragomeni, C. Chen, W. Herring, und I. Misztal. Journal of Animal Science, 94 (3): 909 (2016)
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2016
beef_cattle
crossbreeding
genomics
2016beef_cattlecrossbreedinggenomics
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1Implementation of genomic recursions in single-step genomic best linear unbiased predictor for \US\ Holsteins with a large number of genotyped animals
Y. Masuda, I. Misztal, S. Tsuruta, A. Legarra, I. Aguilar, D. Lourenco, B. Fragomeni, und T. Lawlor. Journal of Dairy Science, 99 (3): 1968 - 1974 (2016)
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2016
APY
computation
dairy_cattle
genomics
2016APYcomputationdairy_cattlegenomics
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1Inexpensive Computation of the Inverse of the Genomic Relationship Matrix in Populations with Small Effective Population Size
I. Misztal. Genetics, 202 (2): 401--409 (November 2016)
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2016
APY
genomics
methodology
2016APYgenomicsmethodology
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1The Dimensionality of Genomic Information and Its Effect on Genomic Prediction
I. Pocrnic, D. Lourenco, Y. Masuda, A. Legarra, und I. Misztal. Genetics, 203 (1): 573--581 (März 2016)
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2016
genomics
methodology
simulation
2016genomicsmethodologysimulation
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1CREBBP mutations in relapsed acute lymphoblastic leukaemia
C. Mullighan, J. Zhang, L. Kasper, S. Lerach, D. Payne-Turner, L. Phillips, S. Heatley, L. Holmfeldt, J. Collins-Underwood, J. Ma und 5 andere Autor(en). Nature, 471 (7337): 235--239 (März 2011)
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bioinformatics
cancer
genomics
nature
bioinformaticscancergenomicsnature
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1Inactivating mutations of acetyltransferase genes in B-cell lymphoma
L. Pasqualucci, D. Dominguez-Sola, A. Chiarenza, G. Fabbri, A. Grunn, V. Trifonov, L. Kasper, S. Lerach, H. Tang, J. Ma und 8 andere Autor(en). Nature, 471 (7337): 189--195 (März 2011)
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bioinformatics
cancer
genomics
nature
bioinformaticscancergenomicsnature
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1The genomic complexity of primary human prostate cancer
M. Berger, M. Lawrence, F. Demichelis, Y. Drier, K. Cibulskis, A. Sivachenko, A. Sboner, R. Esgueva, D. Pflueger, C. Sougnez und 31 andere Autor(en). Nature, 470 (7333): 214--220 (Februar 2011)
vor 8 Jahren von @ytyoun
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bioinformatics
cancer
genomics
nature
prostate
bioinformaticscancergenomicsnatureprostate
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1Exome sequencing identifies frequent mutation of the SWI/SNF complex gene PBRM1 in renal carcinoma
I. Varela, P. Tarpey, K. Raine, D. Huang, C. Ong, P. Stephens, H. Davies, D. Jones, M. Lin, J. Teague und 34 andere Autor(en). Nature, 469 (7331): 539--542 (Januar 2011)
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bioinformatics
cancer
genomics
nature
bioinformaticscancergenomicsnature
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1Integrative genomics identifies LMO1 as a neuroblastoma oncogene
K. Wang, S. Diskin, H. Zhang, E. Attiyeh, C. Winter, C. Hou, R. Schnepp, M. Diamond, K. Bosse, P. Mayes und 23 andere Autor(en). Nature, 469 (7329): 216--220 (Dezember 2010)
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bioinformatics
cancer
genomics
nature
bioinformaticscancergenomicsnature
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1Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer
S. Yachida, S. Jones, I. Bozic, T. Antal, R. Leary, B. Fu, M. Kamiyama, R. Hruban, J. Eshleman, M. Nowak und 4 andere Autor(en). Nature, 467 (7319): 1114--1117 (Oktober 2010)
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bioinformatics
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genomics
nature
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1The patterns and dynamics of genomic instability in metastatic pancreatic cancer
P. Campbell, S. Yachida, L. Mudie, P. Stephens, E. Pleasance, L. Stebbings, L. Morsberger, C. Latimer, S. McLaren, M. Lin und 15 andere Autor(en). Nature, 467 (7319): 1109--1113 (Oktober 2010)
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bioinformatics
cancer
genomics
nature
bioinformaticscancergenomicsnature
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1Diverse somatic mutation patterns and pathway alterations in human cancers
Z. Kan, B. Jaiswal, J. Stinson, V. Janakiraman, D. Bhatt, H. Stern, P. Yue, P. Haverty, R. Bourgon, J. Zheng und 22 andere Autor(en). Nature, 466 (7308): 869--873 (Juli 2010)
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bioinformatics
cancer
genomics
bioinformaticscancergenomics
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1The mutation spectrum revealed by paired genome sequences from a lung cancer patient
W. Lee, Z. Jiang, J. Liu, P. Haverty, Y. Guan, J. Stinson, P. Yue, Y. Zhang, K. Pant, D. Bhatt und 17 andere Autor(en). Nature, 465 (7297): 473--477 (Mai 2010)
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bioinformatics
cancer
genomics
bioinformaticscancergenomics
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1Genome remodelling in a basal-like breast cancer metastasis and xenograft
L. Ding, M. Ellis, S. Li, D. Larson, K. Chen, J. Wallis, C. Harris, M. McLellan, R. Fulton, L. Fulton und 59 andere Autor(en). Nature, 464 (7291): 999--1005 (April 2010)
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bioinformatics
cancer
genomics
nature
bioinformaticscancergenomicsnature
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1Initial genome sequencing and analysis of multiple myeloma
M. Chapman, M. Lawrence, J. Keats, K. Cibulskis, C. Sougnez, A. Schinzel, C. Harview, J. Brunet, G. Ahmann, M. Adli und 40 andere Autor(en). Nature, 471 (7339): 467--472 (März 2011)
vor 8 Jahren von @ytyoun
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bioinformatics
cancer
genomics
nature
bioinformaticscancergenomicsnature
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2Comprehensive molecular, genomic and phenotypic analysis of a major clone of Enterococcus faecalis MLST ST40
M. Zischka, C. Künne, J. Blom, D. Wobser, T. Sakιnç, K. Schmidt-Hohagen, P. Dabrowski, A. Nitsche, J. Hübner, T. Hain und 22 andere Autor(en). BMC Genomics, 16 (1): 175 (März 2015)
vor 8 Jahren von @brenda_bs
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Enterococcus
analysis
faecilis
genomics
Enterococcusanalysisfaecilisgenomics
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2Orion: Scaling Genomic Sequence Matching with Fine-Grained Parallelization
K. Mahadik, S. Chaterji, B. Zhou, M. Kulkarni, und S. Bagchi. High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis, SC14: International Conference for, Seite 449--460. (November 2014)
vor 9 Jahren von @ytyoun
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genomics
super.computing
genomicssuper.computing
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1PyClone: statistical inference of clonal population structure in cancer
A. Roth, J. Khattra, D. Yap, A. Wan, E. Laks, J. Biele, G. Ha, S. Aparicio, A. Bouchard-Cote, und S. Shah. Nat Meth, 11 (4): 396--398 (April 2014)
vor 9 Jahren von @gwotto
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cancer
genomics
cancergenomics
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1High-Throughput Screening of a Corynebacterium glutamicum Mutant Library on Genomic and Metabolic Level
L. Reimer, J. Spura, K. Schmidt-Hohagen, und D. Schomburg. PLoS ONE, (2014)
vor 10 Jahren von @brenda_bs
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genomics
metabolomics
myown
screening
genomicsmetabolomicsmyownscreening
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1GeneChip analyses point to novel pathogenetic mechanisms in mantle cell lymphoma
I. Vater, F. Wagner, M. Kreuz, H. Berger, J. Martín-Subero, C. Pott, J. Martinez-Climent, W. Klapper, K. Krause, Dyer, Martin J S und 7 andere Autor(en). British journal of haematology, 144 (3): 317–331 (2009)
vor 10 Jahren von @drtester
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Cell_Line,_Tumor
Chromosome_Aberrations
Chromosomes,_Human,_Pair_11
Chromosomes,_Human,_Pair_14
Gene_Amplification
Gene_Deletion
Gene_Expression_Profiling/methods
Genomics
Humans
In_Situ_Hybridization,_Fluorescence
Loss_of_Heterozygosity
Lymphoma,_Mantle-Cell/genetics
Microtubule-Associated_Proteins/genetics
Oligonucleotide_Array_Sequence_Analysis
Translocation,_Genetic
Uniparental_Disomy
Cell_Line,_TumorChromosome_AberrationsChromosomes,_Human,_Pair_11Chromosomes,_Human,_Pair_14Gene_AmplificationGene_DeletionGene_Expression_Profiling/methodsGenomicsHumansIn_Situ_Hybridization,_FluorescenceLoss_of_HeterozygosityLymphoma,_Mantle-Cell/geneticsMicrotubule-Associated_Proteins/geneticsOligonucleotide_Array_Sequence_AnalysisTranslocation,_GeneticUniparental_Disomy
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1Comparative analysis of RNA sequencing methods for degraded or low-input samples.
X. Adiconis, D. Borges-Rivera, R. Satija, D. DeLuca, M. Busby, A. Berlin, A. Sivachenko, D. Thompson, A. Wysoker, T. Fennell und 4 andere Autor(en). Nat Methods, 10 (7): 623--629 (Juli 2013)
vor 10 Jahren von @gwotto
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genomics
rna-seq
genomicsrna-seq
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1Multiplatform Analysis of 12 Cancer Types Reveals Molecular Classification within and across Tissues of Origin.
K. Hoadley, C. Yau, D. Wolf, A. Cherniack, D. Tamborero, S. Ng, M. Leiserson, B. Niu, M. McLellan, V. Uzunangelov und 23 andere Autor(en). Cell, (August 2014)
vor 10 Jahren von @gwotto
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cancer
genomics
cancergenomics
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1Bridging the Gap between the Cloud and an eScience Application Platform
Y. Simmhan, C. van Ingen, G. Subramanian, und J. Li. MSR-TR-2009-2021. Microsoft Research, (November 2009)
vor 10 Jahren von @simmhan
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cloud,
escience,
generic
genomics
msr,
worker,
workflow,
cloud,escience,genericgenomicsmsr,worker,workflow,
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1Clonal evolution of preleukemic hematopoietic stem cells precedes human acute myeloid leukemia.
M. Jan, T. Snyder, M. Corces-Zimmerman, P. Vyas, I. Weissman, S. Quake, und R. Majeti. Sci Transl Med, 4 (149): 149ra118 (August 2012)
vor 10 Jahren von @gwotto
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mutation
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1Identification of pre-leukaemic haematopoietic stem cells in acute leukaemia.
L. Shlush, S. Zandi, A. Mitchell, W. Chen, J. Brandwein, V. Gupta, J. Kennedy, A. Schimmer, A. Schuh, K. Yee und 16 andere Autor(en). Nature, 506 (7488): 328--333 (Februar 2014)
vor 10 Jahren von @gwotto
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cancergenomicsmutation
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1Bayesian approach to single-cell differential expression analysis.
P. Kharchenko, L. Silberstein, und D. Scadden. Nat Methods, (Mai 2014)
vor 10 Jahren von @gwotto
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3Sensitive detection of somatic point mutations in impure and heterogeneous cancer samples.
K. Cibulskis, M. Lawrence, S. Carter, A. Sivachenko, D. Jaffe, C. Sougnez, S. Gabriel, M. Meyerson, E. Lander, und G. Getz. Nat Biotechnol, 31 (3): 213--219 (2013)
vor 10 Jahren von @gwotto
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