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1Chipster
https://chipster.csc.fi/screenshots.shtml
vor 6 Jahren von @marcsaric
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open-source
rna-seq
software
open-sourcerna-seqsoftware
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1NG Sequence - Manuals
http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/ht-seq
vor 6 Jahren von @marcsaric
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fulltext
manual
rna-seq
textbook
fulltextmanualrna-seqtextbook
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1HTSeq: Analysing high-throughput sequencing data with Python — HTSeq 0.9.1 documentation
https://htseq.readthedocs.io/en/release_0.9.1/
vor 6 Jahren von @marcsaric
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rna-seq
rna-seq
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1Visualizing the Transcriptome: A Comparison of Different RNA Library Preparation Methods
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3635385/
vor 7 Jahren von @marcsaric
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poster-abstract
rna-seq
poster-abstractrna-seq
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1Scotty - You need more power!
http://bioinformatics.bc.edu/marthlab/scotty/scotty.php
vor 7 Jahren von @marcsaric
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experimental-design
rna-seq
software
experimental-designrna-seqsoftware
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1ENCODE Best Practices for RNA_v2.docx - ENCODE Best Practices for RNA_v2.pdf
https://www.encodeproject.org/documents/cede0cbe-d324-4ce7-ace4-f0c3eddf5972/@@download/attachment/ENCODE%20Best%20Practices%20for%20RNA_v2.pdf
vor 7 Jahren von @marcsaric
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best-practice
encode
manual
rna-seq
sequencing
best-practiceencodemanualrna-seqsequencing
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1The human pathology proteome - The Human Protein Atlas
http://www.proteinatlas.org/humanpathology
vor 7 Jahren von @marcsaric
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atlas
cancer-research
database
proteomics
rna-seq
atlascancer-researchdatabaseproteomicsrna-seq
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2The Human Protein Atlas
http://www.proteinatlas.org/
vor 7 Jahren von @marcsaric
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MUSTREAD
database
rna-seq
MUSTREADdatabaserna-seq
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1How to work with Level 3 data (RPKM values) from TCGA database
https://www.biostars.org/p/143131/
vor 7 Jahren von @marcsaric
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DeSeq
differential-expression
edgeR
howto
rna-seq
tcga
DeSeqdifferential-expressionedgeRhowtorna-seqtcga
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1TCGA RNA-Seq, Expression levels in comparison with normal and connection with CNVs
https://www.biostars.org/p/137574/
vor 7 Jahren von @marcsaric
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differential-expression
rna-seq
differential-expressionrna-seq
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1Active Motif
http://www.activemotif.com/
vor 7 Jahren von @marcsaric
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methylation
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rna-seq
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methylationnext-generation-sequencingrna-seqsequencing-center
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1StarSEQ - The Nucleotide Specialists
https://www.starseq.com/
vor 7 Jahren von @marcsaric
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methylation
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rna-seq
sequencing-center
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1LGC Science for a safer world - LGC Group
http://www.lgcgroup.com/
vor 7 Jahren von @marcsaric
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methylation
next-generation-sequencing
rna-seq
sequencing-center
methylationnext-generation-sequencingrna-seqsequencing-center
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1IMGM Laboratories GmbH - Home
IMGM is your outsourcing partner and advanced genomic service provider for demanding projects with a focus on Metagenomics, Biomarker Discovery, Biodistribution and Pharmacogenetics.
vor 7 Jahren von @marcsaric
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rna-seq
sequencing-center
methylationnext-generation-sequencingrna-seqsequencing-center
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1Genomics - Proteomics - Cell Biology | Life Science Tools
BioCat offers a wide range of high-quality research reagents as well as cutting-edge technologies in the fields of genomics, proteomics and cell biology.
vor 7 Jahren von @marcsaric
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1HOME: GATC Biotech
GATC Biotech is Europe’s leading services provider of DNA and RNA sequencing with innovative solutions, scientific expertise and rigorous quality.
vor 7 Jahren von @marcsaric
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methylation
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rna-seq
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methylationnext-generation-sequencingrna-seqsequencing-center
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1Welcome to the Homepage of LIFE & BRAIN GmbH - LIFE & BRAIN GmbH
http://www.lifeandbrain.com/index.php?page=en-home
vor 7 Jahren von @marcsaric
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methylation
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rna-seq
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methylationnext-generation-sequencingrna-seqsequencing-center
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1Blitzschnell in die Tiefe
Anbieter/Hersteller Next Generation Sequencing
vor 7 Jahren von @marcsaric
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next-generation-sequencing
rna-seq
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methylationnext-generation-sequencingrna-seqsequencing-center
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1Broad Institute Genomic Services | Genomic Services
Broad Institute Genomic Services is committed to providing comprehensive services of unparalleled quality, scale, and utility to fuel your research.
vor 7 Jahren von @marcsaric
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broad
genomics
methylation
next-generation-sequencing
rna-seq
sequencing
sequencing-center
broadgenomicsmethylationnext-generation-sequencingrna-seqsequencingsequencing-center
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1GATK | Best Practices
https://software.broadinstitute.org/gatk/best-practices/
vor 7 Jahren von @marcsaric
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pipeline
rna-seq
software
pipelinerna-seqsoftware
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1EpiTyping: analysis of epigenetic aberrations in parental imprinting and X-chromosome inactivation using RNA-seq
Unknown. (2023)
vor 6 Monaten von @yybb
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epityping
epigenetic-aberrations
parental-imprinting
x-chromosome-inactivation
rna-seq
2023
posted_with_chatgpt
epitypingepigenetic-aberrationsparental-imprintingx-chromosome-inactivationrna-seq2023posted_with_chatgpt
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1scGNN is a novel graph neural network framework for single-cell RNA-Seq analyses
J. Wang, A. Ma, Y. Chang, J. Gong, Y. Jiang, R. Qi, C. Wang, H. Fu, Q. Ma, und D. Xu. Nature communications, 12 (1): 1--11 (2021)
vor 3 Jahren von @becker
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single
cell
gnn
graph
neural
network
rna
seq
rna-seq
paper:fastcor
citedby:scholar:count:3
citedby:scholar:timestamp:2021-6-4
singlecellgnngraphneuralnetworkrnaseqrna-seqpaper:fastcorcitedby:scholar:count:3citedby:scholar:timestamp:2021-6-4
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1MuSiC: Identifying mutational significance in cancer genomes
N. Dees, Q. Zhang, C. Kandoth, M. Wendl, W. Schierding, D. Koboldt, T. Mooney, M. Callaway, D. Dooling, E. Mardis und 2 andere Autor(en). Genome Research, 22 (8, /content/22/8.cover.gif): 1589-1598 (2012)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
drivers
fulltext
methylation
pipeline
rna-seq
shouldread
software
wgs
wxs
cancer-researchdriversfulltextmethylationpipelinerna-seqshouldreadsoftwarewgswxs
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2Visualization methods for differential expression analysis
L. Rutter, A. Moran Lauter, M. Graham, und D. Cook. BMC Bioinformatics, 20 (1): 458-458 (September 2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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fulltext
rna-seq
software
visualization
fulltextrna-seqsoftwarevisualization
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1Canonical genetic signatures of the adult human brain
M. Hawrylycz, J. Miller, V. Menon, D. Feng, T. Dolbeare, A. Guillozet-Bongaarts, A. Jegga, B. Aronow, C. Lee, A. Bernard und 20 andere Autor(en). Nat Neurosci, 18 (12): 1832-1844 (Dezember 2015)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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atlas
brain
expression
rna-seq
shouldread
atlasbrainexpressionrna-seqshouldread
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1Approaches of the Transcriptomic Analysis in Astrocytes: Potential Pharmacological Targets
G. Barreto, R. Gomez, R. Bustos, D. Forero, G. Aliev, V. Tarasov, N. Yarla, V. Echeverria, und J. Gonzalez. Curr Pharm Des, 23 (28): 4189-4197 (2017)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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astrocyte
paywall
rna-seq
transcriptome
astrocytepaywallrna-seqtranscriptome
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1Assembling a Cellular User Manual for the Brain
S. Sloan, und B. Barres. J Neurosci, 38 (13): 3149-3153 (März 2018)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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brain
database
fulltext
rna-seq
software
braindatabasefulltextrna-seqsoftware
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1Transcriptome analysis reveals distinct gene expression profiles in astrocytoma grades II-IV
N. Narsia, P. Ramagiri, J. Ehrmann, und Z. Kolar. Biomed Pap Med Fac Univ Palacky Olomouc Czech Repub, 161 (3): 261-271 (September 2017)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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astrocytoma
cancer-research
fulltext
geo
glioma
rna-seq
shouldread
astrocytomacancer-researchfulltextgeogliomarna-seqshouldread
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5Mining Cancer Transcriptomes: Bioinformatic Tools and the Remaining Challenges
T. Milan, und B. Wilhelm. Mol Diagn Ther, 21 (3): 249-258 (Juni 2017)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
review
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shouldread
software
cancer-researchreviewrna-seqshouldreadsoftware
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1RNA-Seq Perspectives to Improve Clinical Diagnosis
G. Marco-Puche, S. Lois, J. Benítez, und J. Trivino. Front Genet, (2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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clinical
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shouldread
clinicalfulltextreviewrna-seqshouldread
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1Understanding Molecular Mechanisms of the Brain Through Transcriptomics
W. Wang, und G. Wang. Front Physiol, (2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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brain
fulltext
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rna-seq
shouldread
brainfulltextreviewrna-seqshouldread
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1Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis
G. Chen, B. Ning, und T. Shi. Front Genet, (2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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best-practice
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review
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single-cell
best-practicefulltextreviewrna-seqsingle-cell
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2RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool
J. Costa-Silva, D. Domingues, und F. Lopes. PLoS One, (2017)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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best-practice
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review
rna-seq
shouldread
statistics
best-practicefulltextreviewrna-seqshouldreadstatistics
(1)
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1Cancer transcriptome profiling at the juncture of clinical translation
M. Cieślik, und A. Chinnaiyan. Nature Reviews Genetics, 19 (2): 93--109 (2018)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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clinical
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review
rna-seq
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clinicalpaywallreviewrna-seqshouldread
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1Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial
M. Luecken, und F. Theis. Mol Syst Biol, (Juni 2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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fulltext
methods
review
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fulltextmethodsreviewrna-seq
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1Comprehensive RNA-seq transcriptomic profiling in the malignant progression of gliomas
Z. Zhao, F. Meng, W. Wang, Z. Wang, C. Zhang, und T. Jiang. Scientific Data, 4 (1): 170024-- (2017)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
fulltext
rna-seq
shouldread
cancer-researchfulltextrna-seqshouldread
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1UGM: a more stable procedure for large-scale multiple testing problems, new solutions to identify oncogene
C. Liu, L. Zhou, Y. Wang, S. Tian, J. Zhu, H. Qin, Y. Ding, und H. Jiang. Theor Biol Med Model, 16 (1): 20-20 (Dezember 2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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false-discovery-rate-correction
fulltext
rna-seq
false-discovery-rate-correctionfulltextrna-seq
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2voom: Precision weights unlock linear model analysis tools for RNA-seq read counts
C. Law, Y. Chen, W. Shi, und G. Smyth. Genome Biol, (Februar 2014)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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limma
rna-seq
software
voom
fulltextlimmarna-seqsoftwarevoom
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1Engrailed 1 overexpression as a potential prognostic marker in Lower Grade Glioma
J. Zhu, und Y. Zhang. PeerJ, (2019)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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cancer-research
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glioma
mustread
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cancer-researchfulltextgliomamustreadrna-seqsurvival
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1Thirty biologically interpretable clusters of transcription factors distinguish cancer type
Z. Abrams, M. Zucker, M. Wang, A. Asiaee Taheri, L. Abruzzo, und K. Coombes. BMC Genomics, 19 (1): 738-738 (Oktober 2018)
vor 4 Jahren von @marcsaric
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clustering
fulltext
nbclust
rna-seq
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cancer-researchclusteringfulltextnbclustrna-seqshouldreadsoftware
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