Finalmente, nel 1439, il B. fu investito di quell'alta carica ecclesiastica cui aspirava: fu eletto arcivescovo di Spalato.La nuova dignità, la lontananza dai centri culturalmente attivi come Padova e Venezia, lo stesso clima di riforma spirituale che ormai si faceva strada in molti ambienti, operarono forse qualche cambiamento nella personalità del Badoer. È certo che nella nuova sede (da lui raggiunta solo nel 1441) egli appare impegnato nel suo ministero con una serietà che gli valse non pochi elogi. Si preoccupò subito di ricostituire il patrimonio della mensa episcopale in gran parte distratto per usi profani o saccheggiato da privati (le decime di Clissa e Cetina già usurpate da Sigismondo d'Ungheria furono restituite da Pietro di Thaloviz, bano di Dalmazia e Croazia); provvide inoltre con solerzia a sollevare dalle ristrettezze materiali il suo clero ottenendo dal governo veneziano l'abolizione di certe disposizioni che vietavano di legare beni immobili a favore di enti ecclesiastici. Fece costruire nella sua chiesa cattedrale dall'architetto Giorgio Orsini la nuova cappella con altare di S. Anastasio; e per questi interventi e per una sua certa "pietas in egentes et miseros" la sua scomparsa, nell'anno 1451, fu rimpianta dai contemporanei.