Seit 1831 dient das Staatsarchiv als Endarchiv der Verwaltung, den Behörden, den Gerichten und Betrieben des Kantons Schaffhausen. Die Hauptbestände bilden die Hinterlassenschaften der durch die Reformation aufgehobenen Klöster Allerheiligen und Sankt Agnesen in Schaffhausen und Sankt Georgen in Stein am Rhein. Dazu kommen die Bestände der staatlichen Ämter, die bei der Aufhebung dieser Klöster zur Verwaltung des ehemaligen Klosterbesitzes geschaffen wurden.